Fu fondata nel 1887 a Hamamatsu, prefettura di Shizuoka, come Nippon Gakki Company, Limited ( Nippon Gakki Seizo Kabushiki Gaisha?) da Torakusu Yamaha, un costruttore di pianoforti e organi a canne, e costituita il 12 ottobre 1897. L'origine della società come produttrice di strumenti musicali è ancora percepibile dal logo dell'azienda, un trio di diapason incrociati. Nel 1955 ha iniziato a diversificare la produzione, indirizzandosi anche a quella dei motocicli e dei motori, fondando una divisione autonoma, la Yamaha Motor, della quale, al 31 dicembre 2006, possedeva il 22,7% del capitale sociale. Nell'ottobre del 1987, in occasione del 100º anniversario dell'azienda, il nome è stato cambiato in Yamaha Corporation. Nel 1989, Yamaha ha presentato al mondo il primo masterizzatore CD. Da allora, ha acquistato l'azienda statunitense Sequential Circuits (produttrice di sintetizzatori) nello stesso anno, e nel 2004 la tedesca Steinberg (produttrice di software per audio musicali).